Già dalla metà del XVI secolo le città di Cagliari e Sassari si batterono per la fondazione di sedi universitarie nel Regno, ma solo nel 1617 fu concesso lo statuto di UNIVERSITÀ regia al collegio gesuitico, consacrando quella di Sassari come prima UNIVERSITÀ regia.
Nel 1765 venne promulgato il regolamento con cui la piccola UNIVERSITÀ sassarese veniva riformata, con il riconoscimento delle quattro Facoltà tradizionali: Filosofia ed Arti,Teologia, Giurisprudenza e Medicina. Vennero inoltre trapiantati professori piemontesi con l'intento di rinnovare il contenuto scientifico dei corsi e di aprire l'UNIVERSITÀ alla cultura europea e alle idee dei lumi. Per tutto il Settecento i due atenei sardi favorirono la circolazione delle idee e crearono una nuova classe dirigente adeguata alle esigenze dei tempi.
Negli anni venti e trenta dell'Ottocento, l'Ateneo attraversò una fase di decadimento, tanto che nel 1847 il governo previde la sua soppressione. Ma la forte reazione della comunità locale e di alcuni parlamentari, riuscì a ottenere la sospensione temporanea del provvedimento fino a quando, nel 1877, l'UNIVERSITÀ di Sassari venne parificata a quelle secondarie, inaugurando in questo modo una nuova fase di sviluppo.
Tra la fine del secolo e gli inizi del Novecento l'Ateneo attraversò una nuova fase di crescita e un ulteriore sviluppo si ebbe durante il primo trentennio del Novecento, grazie ad un inserimento sempre maggiore all'interno del "sistema universitario nazionale". Nel 1934 furono istituite due nuove Facoltà, Farmacia e Medicina Veterinaria, a cui si aggiunse, nel 1950, la Facoltà di Agraria.
Nell'ultimo trentennio del 1900 l'UNIVERSITÀ cresce ancora: nascono le Facoltà di Magistero (successivamente trasformata in Lettere e Filosofia), Scienze Politiche, Lingue ed Economia, fino a raggiungere nel 2002, con l'istituzione di Architettura, il numero di 11 Facoltà.
L'Ateneo, con sede principale a Sassari, ha sedi staccate anche ad Alghero, Olbia, Nuoro, Oristano, Tempio Pausania, Ozieri, ed ha una popolazione di circa 19.000 studenti.
Grazie alle sue 11 Facoltà l'offerta formativa è ampia e variegata: l'Ateneo offre formazione in presenza e a distanza (e-learning e teledidattica), sia in campo umanistico che scientifico.
Numerose sono le strutture a supporto della ricerca. L'Ateneo può infatti contare su 23 dipartimenti, 24 biblioteche, oltre 40 tra istituti e centri di studio, presentando un'ampia scelta per il praticantato nelle discipline mediche.
Numerosi sono anche le incentivazioni a continuare gli studi per i neo laureati grazie a lauree specialistiche, scuole di specializzazione, corsi di dottorato, master, seminari di formazione.