Sebbene i primi dati certi sulla presenza a Pisa di scuole di diritto, laiche e monastiche, risalgano alla seconda metà del XII secolo, la vera e propria fondazione viene fatta risalire al 1343.
Negli anni successivi, nonostante le traversie di Pisa, che attraversava guerre e pestilenze, l'UNIVERSITÀ cresceva, avviando ad esempio anche l'insegnamento della grammatica nel 1369.
Tuttavia la sorte dello Studio seguì quelle della città, che dopo il 1406, quando fu conquistata dai Fiorentini, era semidistrutta e si impoverì enormemente: l'UNIVERSITÀ dovette pertanto chiudere per esser
riaperta solo nel 1473. Fu nuovamente chiusa nel 1509 per un periodo di sei anni dopo i quali stentò a tornar grande. Solo nel 1543 lo Studio fu riaperto con un corpo docente qualificato e ben pagato, e un Orto botanico che è rimasto uno dei più antichi del mondo. Fu inaugurata anche la sede, il palazzo della Sapienza, iniziato oltre mezzo secolo prima e successivamente rimasto per secoli la sede storica dello Studio, sino ai giorni nostri.
Nel corso del XVII e XVIII secolo l'Ateneo ebbe un lungo periodo di intensa e gloriosa attività, per merito degli eminenti insegnanti che furono chiamati a Pisa.
In tempi recenti, è stata la prima UNIVERSITÀ italiana ad avere un corso di laurea in Scienze dell'Informazione.
Oggi conta più di 50.000 mila iscritti, 11 Facoltà, 56 dipartimenti, 82 corsi di laurea di I livello, 79 corsi di laurea di II livello, 6 corsi di laurea a ciclo unico, 59 corsi di dottorato, 60 scuole di specializzazione e 71 master.