La maggior parte degli edifici universitari sorgono nell'omonimo quartiere di Milano, solo la Facoltà di Medicina trova posto lontano dal complesso, nell'ospedale di Monza.
Verso la metà degli anni Ottanta, cominciò ad emergere l'opportunità di trovare nuove aree in cui aprire un nuovo polo universitario, che permettesse di decongestionare il mega-Ateneo di Milano, cresciuto a dismisura e proprio per questo in grave difficoltà a reggere una massa crescente di studenti.
In tal proposito nel 1993 l'area della Bicocca viene individuata come sede per l'insediamento del nuovo polo dell'UNIVERSITÀ di Milano.
La "seconda UNIVERSITÀ degli Studi di Milano" viene istituita nel 1998 e poco più tardi la denominazione ufficiale dell'UNIVERSITÀ è mutata in "UNIVERSITÀ degli Studi di Milano- Bicocca".
Il primo insediamento didattico in Bicocca risaliva già all'autunno del 1991 con l'avvio del nuovo corso di laurea in Scienze Ambientali della Facoltà di Scienze dell'UNIVERSITÀ degli Studi di Milano. Ad esso avevano fatto seguito altre attivazioni di corsi della Statale: il corso di laurea in Scienza dei Materiali della Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali e il corso di laurea in Biotecnologie. Inoltre, all'inizio dell'anno accademico 1997/1998, si trasferivano in Bicocca la Facoltà di Economia e la seconda Facoltà di Giurisprudenza, istituite presso l'UNIVERSITÀ degli Studi di Milano in vista di un loro passaggio alla nuova UNIVERSITÀ , al momento della sua costituzione.
I primi corsi della nuova UNIVERSITÀ sono attivati nell'anno accademico 1998-1999. Le Facoltà attualmente attivate sono quella di Economia, Sociologia, Medicina e Chirurgia, Psicologia, Scienze della Formazione, Giurisprudenza, Scienze Statistiche, Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali.
Con l'ampliarsi dell'offerta formativa, il numero degli iscritti all'Ateneo è in costante crescita: nel primo anno accademico di attivazione (1998-99) erano 15.300 mentre oggi si sono superati i 30000 iscritti.