L'UNIVERSITÀ degli Studi di Messina è formalmente istituita dal Pontefice Paolo III nel 1548 ma solo nel 1596 essa può concretamente iniziare le sue attività. E' l'inizio di una breve quanto intensa esistenza conclusasi nel 1678, quando l'Ateneo è chiuso in seguito alla rivolta antispagnola. Durante questi anni l'UNIVERSITÀ messinese tocca livelli assai prestigiosi. Dopo un lungo periodo di silenzio, l'Ateneo viene rifondato nel 1838 ma viene nuovamente chiuso nel 1847 per esser riaperto due anni più tardi ma con la limitazione di poter immatricolare solo studenti messinesi.Un provvedimento assai grave se si tiene conto della composizione dell'utenza studentesca dell'Ateneo. Il sisma del 1908 fa precipitare la situazione ed è un'occasione che ad alcuni sembra opportuna per sopprimere l'UNIVERSITÀ peloritana, ritenuta inutile e antieconomica, e istituire al suo posto scuole superiori professionali o di commercio. Il dibattito è assai vivace e si protrae anche dopo l'ottobre del 1909, quando è riaperta la Facoltà di Giurisprudenza.
La ripresa è rapida e nel 1914/15 si riaprono, non senza polemiche, i bienni delle Facoltà di Scienze, Farmacia e Medicina. Nel 1919/20, grazie a un intervento delle istituzioni locali, che deliberano la costituzione di un consorzio per la gestione dell'Ospedale Civico in cui trovano sede provvisoria le cliniche, anche Medicina può completare i suoi corsi. Ormai le strutture dell'Ateneo peloritano appaiono consolidate e l'istituzione si avvia a ricoprire un ruolo non secondario nelle vicende culturali del Paese, riuscendo anche a superare felicemente il difficile momento della ricostruzione postbellica.
L'Ateneo può oggi vantare circa 40 mila iscritti e undici diverse Facoltà (Economia, Farmacia, Giurisprudenza, Ingegneria, Lettere e Filosofia, Medicina e Chirurgia, Medicina Veterinaria, Scienze della Formazione, Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali, Scienze Politiche, Scienze Statistiche) che offrono oltre 110 corsi di laurea.