La storia dell'UNIVERSITÀ inizia nel 1972 a Varese, quando vengono attivati i corsi della Facoltà di Medicina e Chirurgia gemmati dall'UNIVERSITÀ degli studi di Pavia.
Due ulteriori corsi vengono attivati nel 1990: Scienze biologiche gemmato dall'UNIVERSITÀ degli studi di Milano e Economia e Commercio, gemmato dall'UNIVERSITÀ degli studi di Pavia.
Nel frattempo a Como nel 1987 viene avviato il primo corso a carattere universitario: il Diploma a fini speciali in Informatica Gestionale avviato dal Politecnico di Milano e nel 1989 è sede di regolari corsi di laurea in Ingegneria gemmati appunto dal Politecnico milanese oltre che in Scienze e dal 1991 in Giurisprudenza, gemmati dall'UNIVERSITÀ degli studi di Milano. Nel 1997 l'Osservatorio per la valutazione del sistema universitario valuta la possibilità di creare una UNIVERSITÀ bipolare concedendo autonomia ai corsi di laurea e alle Facoltà di Varese e Como.
Nel 1998 viene quindi istituita l'UNIVERSITÀ degli studi dell'Insubria, che ha la particolarità di essere una delle prime UNIVERSITÀ italiane a sperimentare il sistema a rete di tipo bipolare che contempla la presenza di due sedi principali di pari dignità, come recita lo statuto emanato nel 2002, cioè Como e Varese, e di altre sedi satellite (Saronno (VA), Busto Arsizio (VA), Bosisio Parini (LC)) sotto l'unico logo della Universitas Studiorum Insubriae, per un totale di 5 sedi nel territorio lombardo. L'Ateneo ha scelto di denominarsi con il nome della antica popolazione celtica perché questo identificava un territorio specifico dell'area lombarda del quale intende diventare punto di riferimento.
L'Ateneo conta una popolazione di circa 10mila studenti iscritti e 5 Facoltà: Economia, Scienze MM.FF.NN. e Medicina e Chirurgia a Varese; e Giurisprudenza e Scienze MM.FF.NN a Como.