La Scuola Superiore di Studi Universitari e Perfezionamento Sant'Anna di Pisa, brevemente Scuola Sant'Anna o SSSUP, nacque nel 1987 dalla fusione della Scuola Superiore di Studi Universitari e Perfezionamento con il Conservatorio Sant'Anna. L'Ateneo è un istituto pubblico che opera nel campo delle scienze applicate: Economia, Giurisprudenza e Scienze Politiche per la Classe di Scienze Sociali e Agraria, Medicina, Ingegneria industriale e dell'informazione per la Classe di Scienze Sperimentali e che, ispirandosi al modello della Scuola Normale Superiore, preferisce seguire una propria linea autonoma di conduzione e formazione.
Per gli studenti dei corsi di laurea e di laurea specialistica l'ammissione alla Scuola Superiore Sant'Anna di Pisa avviene tramite un concorso pubblico nazionale che si tiene a settembre di ogni anno prima dell'apertura dell'anno accademico e attraverso il quale si assume lo status di allievo ordinario della Scuola.
A coloro che diventano allievi ordinari è richiesta l'iscrizione all'Università di Pisa, e non è richiesta nessuna retta ulteriore oltre le normali tasse di iscrizione all'Università di Pisa. Sono però richiesti stringenti requisiti didattici riguardanti il numero di esami universitari sostenuti ogni anno e la media e la partecipazione di un certo numero di corsi interni della Scuola.
L'inosservanza di tali obblighi comporta la perdita del posto di allievo della Scuola.
Una delle principali attrattive della Scuola è costituita dalla possibilità di vivere nella comunità degli allievi ordinari. Questa opportunità rappresenta un importante fattore di crescita degli allievi dal punto di vista umano oltre che da quello accademico e per quanto informali gli ideali della collegialità rivestono una funzione centrale nella formazione degli allievi. Gli allievi partecipano attivamente alla gestione della Scuola, sia dal punto di vista della didattica che dal punto di vista della materiale gestione delle strutture e dei servizi. Infatti il corpo allievi è rappresentato in Senato Accademico, nei Consigli delle Classi Accademiche e nei rapporti con gli uffici da allievi che ricoprono cariche che vengono annualmente rinnovate.
Nel maggio 2006 si è costituita l'Associazione degli Allievi della Scuola Superiore Sant'Anna, pensata per trovare nuovi stimoli e fornire nuovi strumenti all'iniziativa culturale autonoma degli Allievi. Il suo scopo istituzionale è infatti la promozione di ogni genere di iniziativa, in modo da far confluire in una struttura organizzata appositamente pensata impulsi, idee e iniziative provenienti dal corpo Allievi.
Dal punto di vista dei contenuti le iniziative dell'Associazione si prefiggono di abbracciare il più ampio raggio di temi, anche esulando dalle branche del sapere di stretto interesse della Scuola e rivolgendo in particolare una costante attenzione alle problematiche contemporanee.
Quanto al metodo, la scelta di fondo è nel segno dell'interdisciplinarietà: da un lato si vogliono incentivare iniziative che coinvolgano trasversalmente discipline distinte; dall'altro, anche le iniziative dal carattere più marcatamente settoriale devono presentare un forte e reale interesse collettivo e diffuso.
A tutto ciò si aggiungono come naturali conseguenze l'apertura verso la cittadinanza e il territorio, la promozione di collegamenti con altre Associazioni studentesche e la collaborazione con gli ex Allievi della Scuola, così da portare un prezioso valore aggiunto alla Scuola stessa, agli allievi e alla collettività.
La Scuola Superiore Sant'Anna ha il suo parco scientifico e tecnologico a Pontedera, il Polo Sant'Anna Valdera.
Nell'ottobre 2006 è stata inaugurata a Volterra la Scuola internazionale di Alta formazione (Siaf). Dopo essersi estesa a diverse sedi all'interno di Pisa negli ultimi anni, la Scuola Sant'Anna si allarga così alla sua provincia, in un'ottica di costante apertura al territorio, ma anche con una sempre più spiccata vocazione all'internazionalizzazione.
La Scuola è stata inoltre coinvolta nel controverso progetto di fondazione dell'Imt, centro d'eccellenza in fase di creazione presso l'Università di Pisa.