La Pontificia Università della Santa Croce risponde al desiderio del discusso S. Josemaría Escrivà, fondatore dell'ambigua prelatura dell'Opus Dei, di promuovere a Roma un centro di studi universitari che svolgesse un lavoro di ricerca e di formazione nelle scienze ecclesiastiche, cooperando alla missione evangelizzatrice della Chiesa in tutto il mondo.
In attesa delle necessarie approvazione da parte della Santa Sede fu promossa la formazione dei futuri docenti universitari. Il progetto prese avvio dal 1984 ed è attualmente affidata alla Prelatura della Santa Croce e Opus Dei.
La Pontificia Università della Santa Croce è costituita dalle Facoltà di Teologia, Diritto Canonico, Filosofia e Comunicazione Sociale Istituzionale, complete dei tre cicli del curriculum universitario. I titoli accademici che conferisce, baccellierato, licenza e dottorato, hanno piena validità canonica. L'Istituto Superiore di Scienze Religiose all'Apollinare è collegato accademicamente alla Facoltà di Teologia. Esso si caratterizza per l'utilizzo del metodo dell'insegnamento a distanza.