La storia della Pontificia Università Antonianum cominciò nel 1887, quando l'allora Ministro Generale dell'Ordine dei Frati Minori portò a maturazione il progetto di rifondare, a Roma, uno studio generale per tutto l'Ordine.
Costruita la sede in prossimità del Laterano, nel 1890, fu inaugurata l'attività accademica del Collegium S. Antonii Patavini in Urbe. Nel 1933 il Papa dichiarò canonicamente eretto l'Athenaeum Antonianum de Urbe, a cui, il 14 giugno 1938, avrebbe concesso il titolo di "Pontificio".
L'11 gennaio 2005, Giovanni Paolo II ha concesso al Pontificio Ateneo Antonianum il titolo di "UNIVERSITÀ pontificia". Quattro sono le Facoltà presenti (Teologia, Diritto Canonico, Scienze Bibliche, Filosofia) e quattro gli istituti (Istituto Francescano di Spiritualità, l'Istituto di Studi Ecumenici "S. Bernardino", La Scuola Superiore di Studi Medievali e Francescani, L'Istituto Superiore di Scienze Religiose "Redemptor Hominis").