La Pontificia Università Lateranense fu fondata nel 1773 quando le Facoltà di S. Teologia e di Filosofia del Collegio Romano furono affidate al Clero di Roma.
Nel 1824, la sede fu spostata presso il Palazzo di S. Apollinare dove nel 1853 furono fondate le Facoltà di Diritto Canonico e di Diritto Civile e il Pontificio Istituto Utriusque Iuris.
Nella sede definitiva, quella attuale, nel 1958 fu istituito il Pontificio Istituto Pastorale. L'anno successivo l'Ateneo fu denominato Pontificia Università Lateranense.
Giovanni Paolo II nel 1981 ha eretto presso l'UNIVERSITÀ il Pontificio Istituto per Studi su Matrimonio e Famiglia, che ha il diritto di conferire gradi accademici iure proprio.