L'ISSRA all'Apollinare, eretto dalla Congregazione per l'Educazione Cattolica nel 1986, è un centro accademico della Pontificia Università della Santa Croce, sotto la cui guida e tutela realizza i corsi, ed è specializzato nell'insegnamento della teologia a distanza.
L'Istituto promuove fondamentalmente il Corso Superiore di Scienze Religiose, della durata di cinque anni e al termine del quale si consegue il titolo accademico di Magistero in Scienze Religiose. Il corso è articolato in 2 cicli: un primo ciclo di base di tre anni nel quale vengono affrontate tutte le fondamentali discipline teologiche e filosofiche e un secondo ciclo di due anni il cui scopo è quello di completare la preparazione di base e di acquistare una competenza specialistica che abiliti all'insegnamento scolastico oppure a un impegno ecclesiale più qualificato.
Inoltre, promuove alcuni corsi di formazione teologico-pastorale: un Corso Biblico, e un Corso su Amore, Famiglia ed Educazione, al termine dei quali vengono rilasciati i relativi diplomi.
Il Corso Superiore di Scienze Religiose ha due indirizzi di specializzazione: quello pedagogico-didattico e quello pastorale-catechetico-liturgico.
I requisiti necessari a conseguire il Diploma in Scienze Religiose sono l'aver frequentato il ciclo triennale di studi ed aver superato le verifiche di profitto prescritte, l'attestare la conoscenza di una lingua straniera e l'aver composto un elaborato scritto, conforme alle norme indicate nel Regolamento, che mostri la capacità di impostazione dell'argomento scelto e di ricerca scientifica.
I requisiti per conseguire il Magistero in Scienze Religiose sono l'aver frequentato il ciclo quinquennale di studi ed aver superato le verifiche di profitto prescritte, l'attestare la conoscenza di due lingue straniere e l'aver composto un elaborato scritto, conforme alle norme indicate nel Regolamento, che mostri la competenza maturata nel campo di specializzazione prescelto, e sottometterlo a pubblica discussione nella sessione prevista.
La frequenza agli incontri di lezioni è obbligatoria.